המועצה האזורית מגידו שוכנת באזור רמת מנשה. שטח השיפוט שלה משתרע על פני 170,000 דונם בין יקנעם עילית בצפון, עמק יזרעאל ממזרח, ואדי ערה מדרום, ורכס הרי הכרמל ממערב.